״אינתיפאדה״ (אנתפאצ׳ה בתעתיק מדויק מערבית) משמעותה התנערות או התקוממות עממית והמילה שימשה ככינוי שניתן לשני אירועים משמעותיים בהיסטוריה של הסכסוך: האינתיפאדה הראשונה (1987-1992) ואינתיפאדת אל-אקצא (2000-2005).
האינתיפאדה הראשונה החלה ב-1987 לאחר שג׳יפ צה״לי התנגש במשאית פלסטינית ברצועת עזה. בתאונה נהרגו ארבעה פועלים פלסטינים. הפלסטינים טענו שההתנגשות הייתה תגובה לרצח של חייל ישראלי יום קודם. ההתנגשות הציתה שורה של הפגנות ברחבי הגדה המערבית ורצועת עזה והיתה ליריית הפתיחה לחמש שנות אינתיפאדה. האינתיפאדה הראשונה התאפיינה בשורה של פעולות התנגדות עממיות שכללו הפגנות, מהומות, מרד מיסים ושביתות כלליות ובשימוש ישראלי בכוח רב לפיזור המחאות. את מדיניות התגובה הישראלית התווה שר הביטחון דאז, יצחק רבין, באומרו שיש לשבור למפגינים ״את הידיים והרגליים״. לאורך חמש שנות האינתיפאדה הראשונה נהרגו כ-100 אזרחים וכ-60 חיילים ישראליים וכ-1200 פלסטינים. החתימה על הסכם אוסלו הראשון והקמתה של הרשות הפלסטינית מסמנים את סיומה.
האינתיפאדה השנייה או אינתיפאדת אל-אקצא החלה לאחר כישלון שיחות השלום בקמפ דיוויד ולאחר שאריאל שרון, אז ראש האופוזיציה, עלה להר הבית. בחודש אוקטובר באותה השנה יצאו אזרחי ישראל הערבים להפגנות בתוך תחומי הקו הירוק במחאה על מדיניות הממשלה המפלה כלפיהם. משטרת ישראל פיזרה את ההפגנות תוך שימוש באש חיה. ובמהלך ההפגנות נהרגו 13 מפגינים, במה שנודע לימים כ״אירועי אוקטובר״. עלייתו של שרון להר, הרג המפגינים באוקטובר וכן מדיניות היד הקשה בפיזור ההפגנות בגדה, הציתו שורה של הפגנות וגל של פיגועים שנמשך חמש שנים.
במהלך האינתיפאדה השנייה פיגועי טרור פלסטיניים בערי ישראל היו עניין שבשגרה, כשלעיתים מחבלים מתאבדים התפוצצו בריכוזי אוכלוסייה כמה פעמים בשבוע. ישראל יצאה ב-2002 למבצע ״חומת מגן״ על מנת למגר את תשתיות הטרור בגדה המערבית. במהלך המבצע ישראל כבשה מחדש באופן זמני את הערים הפלסטיניות שמהן נסוגה בהסכמי אוסלו ואף כיתרה את מקום מושבו של נשיא הרשות הפלסטינית יאסר ערפאת. לאורך חמש שנות האינתיפאדה השנייה נהרגו כ-1000 ישראלים וכ-3000 פלסטינים. האינתיפאדה השנייה נגמרה לאחר פסגת שארם א-שייח ב-2005 והיא הובילה, בין יתר הגורמים, להתנתקות הישראלית מרצועת עזה.
