החל מ-1967 הקימה ישראל בשטחים שנכבשו במלחמת ששת הימים התנחלויות ישראליות. ההתנחלויות שהוקמו בחצי האי סיני פונו לאחר הסכם השלום עם מצרים. ההתנחלויות שנבנו ברצועת עזה ובצפון השומרון ופונו עם יישומה של תכנית ההתנתקות ב-2005. בגדה המערבית הקימה ישראל 300 ישובים ישראלים המוגדרים כהתנחלויות על פי הדין הבינלאומי. מתוך ישובים אלה, 146 הן התנחלויות שהקימה המדינה ומוכרות על ידה כיישובים ישראלים או כשכונות בירושלים, ו-144 הם מאחזים בלתי חוקיים.
נכון ל-2021, בגדה המערבית חיים כ-465,000 מתנחלים ישראלים, כ-5 אחוזים מכלל אזרחי המדינה. בשכונות מזרח ירושלים, הנחשבות גם כן כהתנחלויות לפי הדין הבינלאומי חיים כ- 200,000 יהודים ישראלים. מרבית ההתנחלויות הוקמו כחלק מהחזון הדתי-פוליטי שהובילה תנועת ״גוש אמונים״. התנועה, פלג מתוך הציונות הדתית, תפסה את תוצאות מלחמת ששת הימים כהמשך של הגאולה היהודית בארץ ישראל כפי שניסחו אותה הרב יצחק הכהן קוק ובנו-ממשיכו הרב צבי יהודה קוק. הן ממשלות ימין והן ממשלות שמאל סייעו לתנועה בהקמת ההתנחלויות. התנחלויות מסוימות הוקמו ישירות על ידי המדינה מתוך ניסיון לקבוע עובדות בשטח ולהשפיע על תוואי הגבול העתידי בין ישראל והפלסטינים. המדינה הקימה התנחלויות אלה תוך שימוש במנגנוני ההתיישבות הציוניים הוותיקים, דוגמת היאחזויות הנח״ל, שעל בסיסם גם הוקמו חלק מהקיבוצים בישראל.
על פי הדין הבינלאומי והדין הישראלי ההתנחלויות אינן חוקיות ומהוות עבירה על דיני המלחמה שנקבעו באמנת ז׳נבה הרביעית, לפיה העברת אוכלוסייה אזרחית לשטח כבוש היא פשע מלחמה. על כן, כל הסדר עתידי עם הפלסטינים נשען על כך שההתנחלויות יפונו או שיינתן תמורת השטח עליו הן יושבות שטח חלופי.
