ב-4 ביוני 1967 כבשה ישראל את שטחי הגדה המערבית ואת רצועת עזה והנהיגה בהם כיבוש צבאי. ״שלטון כיבוש״ הוא מונח הלקוח מדיני החוק הבינלאומי ומקובל גם במשפט הישראלי ועיקרו הוא ניהולה של אוכלוסייה אזרחית בידי צבא זר האחראי לכלל ההיבטים האזרחיים והביטחוניים של חייה. השלטון הישראלי על הפלסטינים בשטחים הכבושים נוהל ידי הצבא באופן ישיר עד לחתימת הסכמי אוסלו והקמתה של הרשות הפלסטינית.
כביכול, הסכמי אוסלו, הקמת הרשות הפלסטינית וכוחות המשטרה והביטחון שלה, היו אמורים להסדיר את חוויית החיים האזרחית הפלסטינית עם הקמתה של הרשות הפלסטינית וכוחות המשטרה והביטחון שלה. אולם בפועל הצבא נכנס תדיר לריכוזי האוכלוסייה הפלסטינים בשטחי A על מנת לבצע מעצרים ולאייש מחסומים. למעשה, צה״ל עדין שולט בשטחים בהיבטים רבים. דוגמאות לכמה מהם הן כניסות תכופות של יחידות צבא לערים הפלסטיניות שבשליטת הרשות, שימור האחריות של המנהל האזרחי על הנפקת היתרי תנועה, בנייה והיתרים אחרים, וכן העובדה שהריבון בגדה הוא אלוף הפיקוד המרכז שמנהל את השלטון הצבאי. אלוף פיקוד מרכז הוא הריבון מטעם ישראל בגדה ומוסדות צבאיים שונים אחראים על ניהול חיי היום-יום של האוכלוסייה. צה״ל מנהל את חיי היום-יום של הפלסטינים, מאשר את כניסתם ויציאתם מתחומי הגדה המערבית וכן בין אזורים שונים בה, מנפיק אישורי בנייה, יציאה ללימודים ועוד.
מאז הנסיגה הישראלית מרצועת עזה ב-2005, נתקבעה התפיסה בקרב הציבור הישראלי כי השליטה הצבאית הוגבלה לתחומי הגדה המערבית. אולם בפועל, ישראל הייתה אחראית לבדיקת הסחורות שנכנסו לרצועה, מתן היתרי עבודה והיתרי תנועה הומניטריים לתושבי עזה וכן הפעילה על הרצועה סגר ימי, אווירי ויבשתי. מבחינת הדין הבינלאומי פעולות אלה מקנות לישראל אחריות של כוח כובש, ועל כן, מבחינה רשמית, ישראל עדיין כובשת את הרצועה.
לאחר שמדינת ישראל יישבה את אזרחיה בתחומי השטח שנכבש על ידה במלחמת ששת הימים, הנהיג הצבא באזור שתי מערכות חוק שונות עבור האוכלוסייה היהודית והפלסטינית. כריבון על השטח, הצבא גם אחראי לביטחונם של הפלסטינים החיים בתחומי שליטתו. עם זאת, מעדויות רבות של ארגוני זכויות אדם עולה כי חיילים רבים רואים את תפקידם כהגנה על יהודים בלבד, וגם באירועי אלימות מתנחלים תועדו חיילים נמנעים ממעצר המתנחלים ומגנים עליהם ולא על האוכלוסייה הפלסטינית שהותקפה. ככלל, החיים תחת הכיבוש והמשטר הצבאי כוללים חיכוך מתמיד בין פלסטינים לכוחות הצבא, שמתפקדים למעשה ככוחות שיטור בגדה המערבית.
