אחד מהכלים המרכזים באמצעותם אכף הצבא את שלטונו בשטחים, היה מעצר של פלסטינים מטעמים ביטחוניים ופוליטיים. מעצרים בקנה מידה רחב החלו במהלך האינתיפאדה הראשונה, הן של מפגינים פלסטינים והן של פלסטינים שפעלו באלימות נגד מטרות ישראליות. על פי נתוני השב״ס, נכון לספטמבר 2023 הוחזקו בבתי הכלא בישראל כ-5,700 עצורים פלסטיניים, ביניהם 932 שוהים בלתי חוקיים שאינם מוגדרים כאסירים ביטחוניים, וכ-200 קטינים. פלסטינים עלולים להיעצר ולהיאסר בבתי הכלא בישראל ממספר טעמים הקבועים בחוק. לרוב, נעצרים חשודים בעבירות ביטחוניות כגון השתייכות לארגון טרור ומעורבות במעשי טרור, אך הגדרתם של עבירות אלה בחוק גמישה באופן יחסי ופלסטיני יכול לעמוד לדין על עבירות טרור בין אם תלה כרוזים, זרק אבנים או שהשתמש בנשק נגד מטרות אזרחיות וצבאיות. פלסטינים רבים אף נעצרים תוך שימוש במנגנון המעצר המנהלי, ירושה מימי המנדט הבריטי שתוקפה החוקי נקבע בתקנות ההגנה לשעת חירום מ-1945. מנגנון המעצר המנהלי מאפשר לעצור אדם באופן מיידי או הוא חשוד כי בכוונתו לבצע מעשה פלילי-ביטחוני המסכן חיי אדם; במילים אחרות, מי שנחשב ל״פצצה מתקתקת״. מכיוון שבמעצר מן הסוג יש מידה רבה של דחיפות, אין חובה חוקית במסגרת המעצר המנהלי להביא את העצור בפני שופט טרם להארכת מעצרו, או לוודא כי הוא מקבל סיוע משפטי כקבוע בחוק. כך, מעצר מנהלי יכול להוביל לכך שחלק מהעצורים המנהליים אסורים בבתי הכלא כמה שנים, מבלי שזכו להליך הוגן או הובאו בפני שופט. על אף שהחוק מאפשר להשתמש במעצר המנהלי במקרים בהם יש סכנה ממשית לחיי אדם, בפועל הוא מופעל ממגוון סיבות שחלקן אינן קשורות לטרור, אלא לסיבות פוליטיות. לאורך השנים נעצרו עיתונאים, פעילים חברתיים ופוליטיים ומנהיגים קהילתיים במסגרת המעצר המנהלי. לרוב מעצרים מנהליים מופעלים נגד פלסטינים בשטחים ובישראל, אולם במקרים מסוימים הם שימשו גם למעצר יהודים, בעיקר פעילי ימין קיצוני החשודים בעבירות טרור או בכוונה לבצע עבירות מסוג זה.
עבור פלסטינים פעילים פוליטית, בתי הכלא הישראלים הפכו למעין מוסד הכשרה. בגלל גזרי הדין הנוטים להשית על פלסטינים את מלוא תקופת המאסר הקבועה בחוק בכל הקשור בעבירות ביטחוניות, רבים מהעצורים נכנסים לבתי הכלא כגברים צעירים או כילדים ויוצאים מהם רק שנים רבות אחר כך. בתקופתם בכלא מחדדים האסירים את תפיסותיהם הפוליטיות, מייצרים רשת קשרים חברתית ומשלימים לעתים את לימודיהם האקדמיים. האסירים הפלסטיניים מקבלים מקום של כבוד בחברה הפלסטינית ומרבית ממנהיגי הארגונים השונים הם ״בוגרי״ מערכת הכליאה הישראלית.
